GROMACSチュートリアル1

このチュートリアルでは、水とイオンが入ったボックス内のタンパク質（lysozyme）を扱う。

重要

チュートリアルではGROMACS 2018.xシリーズを使用するため、手元のバージョンを確認しておく。

目次

このチュートリアルの目標は、MDシミュレーションの流れを理解しながらGROMACSの基本的な使い方を習得することである。 そのため、シミュレーションに必要な設定ファイルの内容には触れていない。 ファイルの詳細については【補足】にまとめているので、より理解を深めるために参照してほしい。

• 1. シミュレーションの準備
  • タンパク質の構造を準備
  • シミュレーションボックスの作成と溶媒の追加
  • イオンの追加
  • まとめ
• 2.MDシミュレーションの実行
  • エネルギー最小化
  • NVT平衡化
  • NPT平衡化
  • 本計算（Production Run）
  • まとめ
• 3.シミュレーション結果の解析
  • トラジェクトリの修正
  • RMSD
  • 回転半径
  • まとめ
• 4.【補足】トポロジーファイルの詳細
  • 力場パラメータ、分子タイプセクション
  • 原子セクション、結合関連セクション
  • 位置拘束パラメータ、水・イオンの力場パラメータ
  • 系全体の情報
• 5.【補足】mdpファイルの詳細
  • minim.mdp
  • nvt.mdp
  • npt.mdp
  • md.mdp
  • まとめ

なお、本チュートリアルの内容は「GROMACS Tutorial1: Lysozyme in Water」を参考にしている。 初学者向けに全体の流れを重視しているため、詳細は 英語版のページ を参照してほしい。