GROMACSチュートリアル1¶
このチュートリアルでは、水とイオンが入ったボックス内のタンパク質(lysozyme)を扱う。
重要
チュートリアルではGROMACS 2018.xシリーズを使用するため、手元のバージョンを確認しておく。
目次¶
このチュートリアルの目標は、MDシミュレーションの流れを理解しながらGROMACSの基本的な使い方を習得することである。 そのため、シミュレーションに必要な設定ファイルの内容には触れていない。 ファイルの詳細については【補足】にまとめているので、より理解を深めるために参照してほしい。
なお、本チュートリアルの内容は「GROMACS Tutorial1: Lysozyme in Water」を参考にしている。 初学者向けに全体の流れを重視しているため、詳細は 英語版のページ を参照してほしい。