VMDの使い方

VMDとは

ここではVMDの使い方について記していく。

重要

VMDはVisual molecular dynamicsの略であり、分子の可視化ツールである。pdbやgroといった構造ファイルのほか、xtcやtrr,dcdといったトラジェクトリファイルを読み込むことができる。

単に構造を可視化するだけでなく、様々なコマンドを駆使することで初期構造を作ることにも役立つ。これらについては後述する。そのためVMDを上手く使えるようになると研究効率が上がるが、機能が豊富すぎる故に初めのハードルが高い。そのためこのページでは基本的な知識からマニアックな知識まで筆者が知っている限りを書いていこうと思う。

既にVMDを扱っている人はインストールや初級編について読み飛ばして貰って構わない。