GROMACSチュートリアル2

このチュートリアルでは、アルコール分子を用いて二重膜を作成し、ラメラ構造の形成をシミュレーションする。

重要

このチュートリアルでもGROMACSチュートリアル1と同様にGROMACS 2018.xシリーズを使用する。

目次

このチュートリアルの目標は、MDシミュレーションに必要となる構造ファイルを一から作成し、mdpファイルの設定してシミュレーションをコントロールすることである。 目的の系を作成する方法、シミュレーションを制御する方法を学び、自由にシミュレーションができるようになろう。

• 1. 系の作成
  • アルコール分子の作成（CHARMM-GUI）
  • アルコール二重膜系の作成
  • まとめ
• 2. 力場パラメータとトポロジーの準備
  • CHARMM力場のダウンロード
  • 構造ファイル（groファイル）の作成
  • まとめ
• 3. mdpファイルの作成とシミュレーションの実行
  • エネルギー最小化（00_em）
  • NVT平衡化（01_nvt）
  • NPT平衡化（02_npt）
  • 本計算（03_npt）
  • まとめ

このチュートリアルではシミュレーション後の解析は行っていないが、本来であれば目的の物性を調べるために計算を行ったり、プログラムを作成したりする。 最後まで到達したら、この系に対してどのような物理量を計算することができるか考えてみよう。 練習として実際にプログラムを作成してもよいだろう。