PLUMED¶

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PLUMEDは分子動力学シミュレーションのための拡張サンプリングアルゴリズム、様々な自由エネルギー手法、および解析ツールを実装するオープンソースライブラリである。ACEMD、AMBER、DL_POLY、GROMACS、LAMMPS、NAMD、OpenMM、ABIN、CP2K、i-PI、PINY-MD、およびQuantum ESPRESSOと一緒に使うために設計されているが、解析および可視化ツールのVMD、HTMD、OpenPathSamplingと一緒に使うこともできる。

加えて、PLUMEDは分子動力学トラジェクトリの分析のためのスタンドアローンツールとして使うこともできる。METAGUIと名付けられたグラフィカルユーザインタフェースも入手可能である。

インストール方法¶

本研究室では、gromacsなどでレプリカ交換などの計算をするためにPLUMEDを必要とする場合がほとんどだろう。手順としては、

plumed本体のインストール
gromacsなどのMDソフトウェアにパッチを当てる

という流れが一般的になるだろう。

注意¶

現在(2020/01/22)、plumedとgromacsの依存関係は以下のとおりである。

plumed	MD software
2.5	gromacs-2016-6 gromacs-2018-8 gromacs-2019-4 gromacs-4-5-7 namd-2-12 namd-2-13
2.4	gromacs-2018-6 gromacs-4-5-7 gromacs-5-1-4 lammps-6Apr13 namd-2-12 namd-2-13

これより古いplumed(2.3以前)はサポート対象外のため推奨しない。自分の利用したいMDソフトウェアに合わせたplumedをインストールすること。

plumedのインストール¶

ソースコードは公式サイトのDownloadから入手できる。plumed-?.?.?.tgzをダウンロードし、適当な場所(~/App)で展開する。

その後以下のコマンドを入力

cd ~/App/plumed-?.?.?
./configure --prefix=/usr/local/
make -j 4
make doc
sudo make install  # sudo is needed if the prefix is root

which plumedとコマンド入力し、/usr/local/bin/plumedと出力されればインストールに成功している。

パッチを当てる¶

gromacsのページでも書いてあるが、gromacsのルートディレクトリで

plumed patch -p

のコマンドを実行、対話形式でMDソフトウェアのバージョンを選択するだけである。

もしスパコン上でパッチを当てる場合は、

plumed patch --no-mpi -p

--no-mpiを追加する。