PLUMED¶
PLUMEDは分子動力学シミュレーションのための拡張サンプリングアルゴリズム、様々な自由エネルギー手法、および解析ツールを実装するオープンソースライブラリである。ACEMD、AMBER、DL_POLY、GROMACS、LAMMPS、NAMD、OpenMM、ABIN、CP2K、i-PI、PINY-MD、およびQuantum ESPRESSOと一緒に使うために設計されているが、解析および可視化ツールのVMD、HTMD、OpenPathSamplingと一緒に使うこともできる。
加えて、PLUMEDは分子動力学トラジェクトリの分析のためのスタンドアローンツールとして使うこともできる。METAGUIと名付けられたグラフィカルユーザインタフェースも入手可能である。
インストール方法¶
本研究室では、gromacsなどでレプリカ交換などの計算をするためにPLUMEDを必要とする場合がほとんどだろう。手順としては、
plumed本体のインストール
gromacsなどのMDソフトウェアにパッチを当てる
という流れが一般的になるだろう。
注意¶
現在(2020/01/22)、plumedとgromacsの依存関係は以下のとおりである。
plumed | MD software |
---|---|
2.5 | gromacs-2016-6 gromacs-2018-8 gromacs-2019-4 gromacs-4-5-7 namd-2-12 namd-2-13 |
2.4 | gromacs-2018-6 gromacs-4-5-7 gromacs-5-1-4 lammps-6Apr13 namd-2-12 namd-2-13 |
これより古いplumed(2.3以前)はサポート対象外のため推奨しない。自分の利用したいMDソフトウェアに合わせたplumedをインストールすること。
plumedのインストール¶
ソースコードは公式サイトのDownloadから入手できる。plumed-?.?.?.tgzをダウンロードし、適当な場所(~/App
)で展開する。
その後以下のコマンドを入力
cd ~/App/plumed-?.?.?
./configure --prefix=/usr/local/
make -j 4
make doc
sudo make install # sudo is needed if the prefix is root
which plumed
とコマンド入力し、/usr/local/bin/plumed
と出力されればインストールに成功している。
パッチを当てる¶
gromacsのページでも書いてあるが、gromacsのルートディレクトリで
plumed patch -p
のコマンドを実行、対話形式でMDソフトウェアのバージョンを選択するだけである。
もしスパコン上でパッチを当てる場合は、
plumed patch --no-mpi -p
--no-mpiを追加する。