Packmol¶
Packmolは、シミュレーションの初期構造を作成する際に便利なソフトウェア。
例えば、水(TIP3P)とイオン(Na+)のランダムな配置の水溶液を作成したい時などに有用である。
インストール方法¶
適当なディレクトリ(~/App/)で、
ダウンロードして、
git clone https://github.com/m3g/packmol.git
cd packmol
make
で、使用できるようになるはず。
あとはパスなりエイリアスなり通せばいいと思う。
# 以下を~/.bashrcに追記
alias packmol='~/App/packmol/packmol'
使い方¶
完全にランダムな配置¶
ここでは、水1000分子の中に尿素400分子を入れた水溶液を作成する。
必要なものは、
それぞれダウンロードしておいて欲しい。
インプットファイルは、以下のようになっている。
#
# A mixture of water and urea
#
# All the atoms from diferent molecules will be separated at least 2.0
# Anstroms at the solution.
tolerance 2.0
# The file type of input and output files is PDB
filetype pdb
# The name of the output file
output mixture.pdb
# 1000 water molecules and 400 urea molecules will be put in a box
# defined by the minimum coordinates x, y and z = 0. 0. 0. and maximum
# coordinates 40. 40. 40. That is, they will be put in a cube of side
# 40. (the keyword "inside cube 0. 0. 0. 40.") could be used as well.
structure water.pdb
number 1000
inside box 0. 0. 0. 40. 40. 40.
end structure
structure urea.pdb
number 400
inside box 0. 0. 0. 40. 40. 40.
end structure
tolerance¶
各分子をどのくらい離して配置するかの値[Å]。3.0くらいでいいと思う。
filetype¶
pdbにしておいて。
output¶
出力ファイル名。自由にどうぞ。