GROMACSのインストール¶
ここではGROMACSのインストール方法をまとめている。
重要
GROMACSのバージョンはgromacs-XXXとして表記しているので、基本的には最新のものを選んでインストールする。
インストール手順¶
まず、GROMACSをダウンロードする必要がある。 GROMACS documentationにアクセスし、適切なバージョンのDownloadから「gromacs-XXX.tar.gz」をダウンロードする。 またはwgetを用いてターミナルで直接ダウンロードしてもよい。
# GROMACSのインストール先へ移動
# インストール先のディレクトリにgromacs-XXX.tar.gzを用意しておく
cd ~/App
# ターミナルで直接ダウンロードする場合はここで
# wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-XXX.tar.gz
tar -xzvf gromacs-XXX.tar.gz
cd gromacs-XXX
gromacs-XXXのディレクトリへ移動したらlsで中身を確認しておく。
次に、ビルド用のディレクトリとGROMACSをcmakeするディレクトリを作成する。
mkdir build
mkdir gmx_install
作成したbuildディレクトリへ移動し、cmakeを行う。 この時、GROMACSの様々なオプションを指定してインストールすることが多い。 ここではその一例を示す。
| GROMACSインストールオプション | 説明 |
|---|---|
| -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON | GROMACSがFFTWを自動的にダウンロード、ビルドすることを許可 |
| -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD | GROMACSのテストをダウンロードする（make checkで実行） |
| -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=xxx | GROMACSをcmakeするパスの指定 |
| -DGMX_MPI=ON | 並列計算を利用してビルドする |
| -DGMX_GPU=ON | GPU版のGROMACSをインストールする |
| -DCMAKE_C_COMPILER=xxx | 使用するCコンパイラのパスの指定（環境変数CCでも設定可） |
| -DCMAKE_CXX_COMPILER=xxx | 使用するC++コンパイラのパスの指定（環境変数CXXでも設定可） |
| -DGMX_DOUBLE=ON | GROMACSを倍精度で構築する |
| -DGMX_SIMD=xxx | GROMACSを実行するノードのSIMDレベルの指定 |
ローカルのPCにインストールする場合は系の構築や解析に使用する程度であり、大きな計算には使用しないので、次のオプションを指定すればよいと思う。
# ローカルでのcmakeの例
cd builds
cmake ../ \
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${HOME}/App/gromacs-XXX/gmx_install \
-DGMX_MPI=OFF \
-DGMX_DOUBLE=OFF \
-DGMX_GPU=OFF
一方、スパコンなどにインストールする場合は並列計算を使用するため-DGMX_MPI=ONとする。GPUが利用できる場合は-DGMX_GPU=ONも指定しておく。
# スパコンでのcmakeの例
cd build
cmake ../ \
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${HOME}/App/gromacs-XXX/gmx_install \
-DGMX_MPI=ON \
-DCMAKE_C_COMPILER=mpicc \
-DCMAKE_CXX_COMPILER=mpicxx \
-DGMX_GPU=ON \
-DGMX_SIMD=AVX_256
cmakeが終了したら続けてmakeを行う。 マルチプロセッサ環境であれば、-jを付けて並列コンパイルをすることで高速化ができる。 GROMACSのテストをダウンロードしている場合は同時にmake checkを行う。
make -j 4
# GROMACSのテストをダウンロードした場合はチェックを実行
make check
最後にmake installをする。
make install
終了するとgmx_installにGROMACSの実行ファイルが生成しているはずである。 .bashrcにパスを通してインストールは完了である。
.bashrc
# ホームディレクトリの.bashrcを編集
export PATH=${HOME}/App/gromacs-XXX/gmx_install/bin:${PATH}
正しくインストールされていれば、次のコマンドでGROMACSのバージョンが表示されるだろう。
# .bashrcの編集後にパスを更新
source ~/.bashrc
# GROMACSが正しく動作するか確認（バージョン確認）
gmx --version